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商品化Panel

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xGen Exome Research Panel

xGen Exome Research Panel覆蓋基因組~51 M 的區域, 包含>19,000 個基因的編碼區域。該Panel 久經考驗, 兼顧全面性、有效性和性價比。 該Panel適用于全面的基因組分析(包括SNV、Indel、CNV、基因重排等),可實現對腫瘤免疫治療的生物標志物,如TMB、MSI和HLA等指標的分析。

產品標題
 全外顯子·xGen Exome Research Panel v1.0

產品簡介

外顯子測序是探究人類基因組編碼區的重要手段之一。外顯子區域約占整個基因組區域的2%,因此尋找一個有效的方法富集編碼區域從而深入探究那些與疾病相關的重要突變就顯得尤為關鍵。靶向捕獲測序以其較為均勻的覆蓋,成為探究全外顯子的方法之一。

該Panel適用于全面的基因組分析(包括SNV、Indel、CNV、基因重排等),可實現對腫瘤免疫治療的生物標志物,如TMB、MSI和HLA等指標的分析。

IDT生產的xGen Exome Research Panel v1.0涉及19,396個基因的編碼區域(CDS, coding sequences),探針以end-to-end的方式覆蓋51 Mb的區域。該Panel包含429,826條獨立合成,獨立質檢的xGenLockdown Probes,保證每條探針的物質的量與合成準確度。

產品特點

探針精準合成:獨立合成,獨立質檢。
適配多種二代測序平臺:適配 Illumina & MGISEQ等測序平臺。
均一、高效捕獲:GC偏好性小,捕獲均一
使用靈活:支持多樣本混合捕獲,可以spike-in其他Panel或定制探針

產品詳情

完美適配雙平臺


圖 1.?NanoPrep? 核心外顯子捕獲在 MGISEQ-2000 和 HiSeq X Ten 測序對比。分別在兩個測序平臺進行 12-Plex 的外顯子混合捕獲。MGISEQ-2000 在數 據 A. 比對率 B. 捕獲效率和 C. 覆蓋均一性與 HiSeq X Ten 無明顯差異。

均一高效捕獲

                                   圖2 (A)                                                                             圖2 (B)

*圖2(A).捕獲效率更高。在相同文庫,同一測序儀,相同測序通量的條件下,  與其他個品牌相比, xGen? Exome Research Panel 捕獲效率高. (B).覆蓋均一性更好 對比四個品牌在基因編碼區(RefSeq和第一外顯子1st exon,常為高GC 含量)的測序數據  xGen?Exome Research Panel覆蓋度均一                                                                 

 *圖3.GC偏好性更小。不同品牌全外顯子靶向測序數據與全基因組測序數據(Whole Genome SequenceWGS)對比,xGen? Exome Research Panel 表現出接近WGS 的覆蓋深度,且對GC 含量較高的區域有較好的覆蓋。

支持混合捕獲


圖 4.?NanoPrep? 核心外顯子捕獲的重復性。同一樣本兩次建庫,分別進行 1-Plex (500 ng) 和 12-Plex (6 μg) 混合捕獲。A. 覆蓋深度高度一致 (Pearson’s r = 0.94);B. 對不同 GC% 含量區域覆蓋,12-Plex (CV=0.55)和 1-Plex (CV=0.61),無顯著差異。

靈活擴展捕獲區域


圖5. 多款 Panel / 探針之間可以相互混合,靈活使用。

訂購信息

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產品信息

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16 rxn xGen? Exome Research Panel v1.0

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96 rxn xGen? Exome Research Panel v1.0

下載資料

Panel信息

1.xGen Exome Research Panel probes (bed)(下載請點擊)

2.xGen Exome Research Panel target (bed) (下載請點擊)

3.xGen Exome Research Panel gene list (下載請點擊)

操作指南

1.利用xGen探針及試劑進行DNA文庫雜交捕獲操作說明(Illumina)Version2(下載請點擊)

2.Sciclone G3 NGS自動化平臺雜交捕獲 下載請點擊)

3.xGen Lockdown panel擴展方案示例 (下載請點擊)

4.xGen Lockdown probes&panel溶解方案(下載請點擊)

應用案例

1.支持多樣本混合捕獲的全外顯子靶向富集方案下載請點擊)

2.xGen Exome research均一、全面覆蓋外顯子組(下載請點擊)

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